Nel 2001 la Croazia ha siglato l’Accordo di stabilizzazione e associazione con l’Unione Europea – che è entrato in vigore nel 2005 – e nel 2003 ha fatto richiesta formale di adesione all’organizzazione. Allo stesso tempo, nel 2004 la Slovenia è diventato il primo paese dei Balcani ad entrare nell’Eu. I rapporti tra Croazia e Slovenia sono stati particolarmente tesi dalla fine della guerra nella ex Iugoslavia, soprattutto a causa delle rivendicazioni slovene su una parte di territorio marittimo al largo del Golfo di Piran. Secondo i confini stabiliti dalla Croazia, la Slovenia non avrebbe libero accesso alle acque internazionali, dal momento che dovrebbe prima attraversare lo spazio marittimo croato. Soprattutto per questi dissidi, la Slovenia, da membro dell’Eu, ha sempre posto il veto ad una possibile adesione croata, temendo che ciò avrebbe congelato definitivamente la questione dei confini. Le relazioni tra i due paesi hanno influenzato la trattativa dell’ingresso della Croazia nell’Eu fino al 2009, quando i due primi ministri slovacco e croato, rispettivamente Borut Pahor e Jadranka Kodor, hanno accettato di giungere ad un compromesso con la negoziazione dell’Eu stessa. L’accordo è stato firmato a Stoccolma nel novembre del 2009 alla presenza del presidente di turno dell’Eu Fredrik Reinfeldt e successivamente la Slovenia, tramite un referendum popolare, ha accettato di portare la questione davanti ad un tribunale internazionale per giungere ad un compromesso. In questo modo, l’ostacolo principale per Zagabria nell’obiettivo di aderire all’Eu sembra essere stato superato e la Slovenia non dovrebbe bloccare gli ultimi tre capitoli negoziali relativi alla Croazia. Visto il progresso compiuto dalla Croazia in relazione all’acquisizione dell’acquis communautaire e la maggior collaborazione di Zagabria con il Tribunale internazionale sui crimini nella ex Jugoslavia (condizione posta dall’Eu per l’avanzamento dei negoziati) l’ingresso nell’Unione Europea potrebbe avvenire entro il 2013.