Unificata al Tanganica nel 1964, Zanzibar ha sempre mantenuto un certo grado di autonomia, soprattutto per ciò che concerne gli affari interni. L’isola è abitata prevalentemente dalla popolazione proveniente dalla terraferma ed è dotata di un proprio Parlamento bicamerale, eletto su base quinquennale come quello tanzaniano. Cinque rappresentanti del Parlamento di Zanzibar hanno un seggio di diritto presso il Parlamento nazionale della Tanzania. Nel 2000 si sono verificate le elezioni presidenziali che hanno visto la vittoria del vice presidente del Ccm Amani Abeid Karume (poi confermato nel 2005), figlio del primo presidente dell’isola. Ciò pone dei dubbi circa la trasparenza del sistema politico di Zanzibar.