Tra il 1996 e il 2003 il Congo è stato sconvolto da una cruenta guerra civile interetnica che si è rapidamente trasformata in un conflitto tra stati combattuto sul territorio congolese e non solo. A seguito della guerra su base etnica scoppiata in Ruanda, le milizie hutu utilizzarono come basi per i propri attacchi contro il governo tutsi installatosi a Kigali i campi profughi nello Zaire orientale, dove erano riparati tra i 700.000 e il milione di Hutu (alcune fonti parlano addirittura di due milioni). Nell’ottobre 1996 le truppe ruandesi entrarono in Zaire dando il via a quella che venne ricordata come la prima guerra del Congo. L’esercito regolare ruandese appoggiò le milizie dell’Alliance des forces démocratiques pour la libération du Congo-Zaire (Afdl), appoggiata dai tutsi ruandesi e guidata da Laurent-Désiré Kabila con l’obiettivo di rovesciare Mobutu. Forte del sostegno militare anche dell’Uganda, la Afdl nel giro di un anno arrivò alle porte di Kinshasa, costringendo Mobutu all’esilio nel maggio 1997.
Una volta al potere Kabila cercò di disfarsi dei suoi sostenitori stranieri, ma l’effetto fu quello di innescare la cosiddetta seconda guerra del Congo. Le truppe ruandesi e ugandesi già presenti nel territorio si sottrassero al controllo del governo di Kabila e si unirono a nuovi rinforzi provenienti dai propri paesi con l’intento di installare a Kinshasa un nuovo governo, appoggiando rispettivamente le formazioni ribelli del Rassemblement Congolais pour la Démocratie (Rcd) e del Mouvement pour la Libération du Congo (Mlc). A sostegno di Kabila intervennero su sua richiesta Angola, Zimbabwe e Namibia, che costrinsero ruandesi e ugandesi a ripiegare nelle province orientali del paese. La firma nell’agosto del 1999 a Lusaka (Zambia) di un cessate il fuoco da parte di tutti gli attori in lotta e il dispiegamento sul territorio della Mission de l’Organisation des Nations Unies en République démocratique du Congo (Monuc) non bastarono a ottenere il reale ritiro delle truppe straniere dal paese. Nel 2003 furono siglati gli Accordi di pace di Sun City (Repubblica Sudafricana) che portarono all’approvazione della Costituzione transitoria e alla formazione di un governo di transizione guidato dal figlio di Kabila, Joseph, e con i diversi leader delle forze di opposizione nella carica di vice-presidenti. Ufficialmente le truppe ruandesi e ugandesi si ritirarono dal paese tra il 2002 e il 2003, insieme a quelle degli altri paesi coinvolti nel conflitto, ma di fatto Ruanda e Uganda hanno continuato negli anni le proprie attività belliche oltreconfine.