Bioinformatica
GGiovanni Paolella e Giuseppe Martini
di Giovanni Paolella e Giuseppe Martini
SOMMARIO: 1. Introduzione. ▭ 2. Acidi nucleici e proteine. ▭ 3. Metodi automatici di sequenziamento. ▭ 4. [...] è invece una banca dati dove le sequenze sono organizzate in interi cromosomi cui è possibile associare annotazioni di tipo diverso, come base di programmi per la ricerca di regioni idrofobiche transmembrana di una proteina o di regioni idrofiliche ...
Leggi Tutto
Proteine. Struttura delle proteine
Peter J.T. Dekker
Nikolaus Pfanner
Joachim Rassow
Le proteine, sintetizzate come catene polipeptidiche che si estendono in modo spazialmente non strutturato, devono [...] sua catena è molto estesa nello spazio e le interazioni non covalenti, che normalmente stabilizzano lo stato nativo, sono rapido legame del ligando e al sequestro delle sue superfici idrofobiche così da prevenirne l'aggregazione.
7. La famiglia delle ...
Leggi Tutto
Emoglobina
Gino Amiconi
Maurizio Brunori
L'emoglobina è una proteina che va incontro a una combinazione reversibile con l'ossigeno molecolare (O2): vale a dire che, in presenza di un'elevata pressione [...] racchiude l'eme nella sua cavità idrofobica, proteggendolo dall'ambiente acquoso cosicché la sua reazione con l'O2 diventa reversibile. L'eme è unito alla globina mediante una ventina di interazioni deboli con le catene laterali degli amminoacidi ...
Leggi Tutto
Acidi nucleici
Franca Ascoli Marchetti
Gli acidi nucleici sono molecole complesse di grandi dimensioni attraverso le quali avviene la trasmissione dell'informazione genetica. Essi sono presenti nelle [...] , oltre che dai legami idrogeno tra le basi complementari dei due filamenti, anche da forze idrofobiche tra le coppie di basi e da interazioni elettrostatiche con cationi mono- e bivalenti che neutralizzano le cariche negative dei gruppi fosfati. Il ...
Leggi Tutto
Fattori di trascrizione
Roberto Di Lauro
Mariastella Zannini
I geni sono unità dinamiche. Determinano infatti una funzione soltanto se vengono espressi, cioè se l'informazione in essi contenuta come [...] uno dall'altro. Questi domini realizzano delle interfacce idrofobiche attraverso le quali i fattori di trascrizione a famiglia di fattori può legare. Le regole che governano le interazioni dei membri di una classe di fattori di trascrizione sono ...
Leggi Tutto
membrana plasmatica
Membrana continua che delimita ogni cellula, ne media i contatti con l’ambiente extracellulare e ne difende la specificità. Come tutte le membrane biologiche, la membrana plasmatica [...] di una o più sequenze di amminoacidi idrofobici che, nel corso della sintesi proteica, vengono inserite nello spessore della membrana ove restano per tutta la loro vita, trattenute dalle interazioni che stabiliscono con altre catene peptidiche o ...
Leggi Tutto
La seconda rivoluzione scientifica: scienze biologiche e medicina. La biologia cellulare
William C. Summers
La biologia cellulare
La biologia cellulare è una disciplina scientifica nuova che ha però [...] quelli ottenuti con esperimenti su organi o animali interi.
Due innovazioni tecniche resero possibili questi studi: di fosfolipidi molto ravvicinati, le cui catene laterali idrofobiche erano orientate verso l'interno del doppio strato lipidico ...
Leggi Tutto
membrana biologica
Stefania Azzolini
Strato formato da lipidi e proteine che delimita le cellule e gli organuli cellulari. Tali strati non solo creano e delimitano compartimenti intracellulari, ma forniscono [...] al centro del doppio strato e formando un nucleo idrofobico. L’aggregazione di queste catene laterali è stabilizzata dalle interazioni di van der Waals. Legami ionici e idrogeno stabilizzano l’interazione tra le teste polari, tra loro e con l ...
Leggi Tutto
proteina periferica
Stefania Azzolini
Proteina di membrana presente solo su uno dei due foglietti del doppio strato fosfolipidico della membrana cellulare. Le proteine periferiche, dette anche estrinseche [...] per interazione con le teste polari dei lipidi. Grazie alla tecnica del congelamento-frattura è stato possibile separare la membrana plasmatica nei suoi due foglietti costituenti, mettendo in evidenza le due superfici idrofobiche. Le immagini ...
Leggi Tutto