Figlio primogenito (Graz 1863 - Sarajevo 1914) dell'arciduca Carlo Ludovico, fratello dell'imperatore Francesco Giuseppe, e di Maria Annunciata di Borbone-Sicilia. Freddo e deciso, gli atteggiamenti politici mostrati come arciduca ereditario nei confronti delle popolazioni dell'impero gli attirarono odi profondi, che furono causa del suo assassinio e dello scoppio della prima guerra mondiale.
Erede dal 1875 del titolo d'Este, visse estraneo alla politica fino a che, dopo il suicidio del cugino Rodolfo (1889), la morte del padre (1896) lo rese arciduca ereditario. Malaticcio, rivelò tuttavia subito un atteggiamento deciso. Contro la volontà dell'imperatore sposò (1º luglio 1900) la contessa Sofia Chotek (creata per l'occasione principessa, poi nel 1909 duchessa, di Hohenberg), rinunciando al trono per i figli nascituri. Lo stesso carattere deciso rivelò nell'ambito della politica: avversò apertamente il pangermanismo protestante, osteggiò l'aristocrazia ungherese e verso l'Italia sostenne energicamente la politica dura vagheggiata dal suo protetto, il capo di Stato maggiore Conrad von Hötzendorf. Freddo e autoritario, non era tuttavia un bellicista e, mentre manteneva freddi rapporti con Guglielmo II, nel 1913 si recò a Londra per migliorare i rapporti diplomatici con l'Inghilterra. Aveva attirato su di sé odi profondi, soprattutto da parte degli Ungheresi e degl'irredentisti serbi, ed essi gli costarono la vita: nel corso di una visita a Sarajevo, fu ucciso assieme alla moglie dallo studente bosniaco G. Princip. Il suo assassinio fu la scintilla che provocò l'incendio della prima guerra mondiale. Dal suo matrimonio aveva avuto tre figli: Sofia (1901), Massimiliano, duca di Hohenberg (1902) ed Ernesto (1904).