motivo elica-curva-elica
motivo elica-curva-elica
Chiamato anche elica-giro-elica, è una sequenza polipeptidica che si trova in alcuni fattori di trascrizione ed è capace di riconoscere sequenze specifiche di DNA. Identificato originariamente in proteine batteriche, questo motivo da allora è stato trovato in centinaia di proteine che legano il DNA sia di eucatioti sia di procarioti. È costituito da due α-eliche connesse da una breve catena estesa di amminoacidi, che costituisce il ‘giro’. Le due eliche sono tenute ad angolo fisso, soprattutto mediante interazioni fra le due eliche. L’elica più C-terminale è chiamata ‘elica di riconoscimento’ perché si adatta nella scanalatura principale del DNA; le catene laterali dei suoi amminoacidi, che differiscono da proteina a proteina, hanno un ruolo importante nel riconoscimento della sequenza specifica di DNA a cui si lega la proteina. Fuori dalla regione elica-curva-elica, la struttura delle varie proteine che contengono questo motivo può variare enormemente. Così ciascuna proteina presenta il suo dominio elica-curva-elica in un modo unico, una caratteristica che si pensa incrementi la versatilità del motivo elica-curva-elica aumentando il numero di sequenze di DNA che il motivo può riconoscere. Inoltre, nella maggior parte delle proteine, parti della catena polipeptidica fuori dal dominio elica-curva-elica stabiliscono anch’esse contatti importanti con il DNA, aiutando a modulare finemente l’interazione. Una forma correlata del motivo elica-curva-elica (HTH, Helix-turn-helix) è presente nell’omeodominio, una sequenza amminoacidica inizialmente caratterizzata in diverse proteine implicate nella regolazione dello sviluppo della Drosophila e successivamente individuata anche in fattori di trascrizione presenti nei Mammiferi. L’omeodominio è codificato da una sequenza di DNA di 180 coppie di basi, altamente conservata e conosciuta come homeobox. Attraverso questa regione, la proteina è in grado di legarsi a specifiche sequenze di DNA, regolando l’espressione genica. A differenza di quanto detto in precedenza, il motivo elica-curva-elica degli omeodomini è sempre circondato dalla stessa struttura, suggerendo che il motivo sia sempre presentato al DNA allo stesso modo.