Figlio (Ferrara 1508 - ivi 1559) di Alfonso I e di Lucrezia Borgia, successe al padre il 31 ott. 1534. Cercò di mantenersi neutrale nel conflitto tra Francia e Spagna nonostante il suo matrimonio con Renata di Francia, figlia di Luigi XII, e la politica apertamente filofrancese di suo fratello, il cardinale Ippolito II d'Este. Riuscì poi a risolvere i contrasti politico-territoriali col papato, mediante l'impegno a versare alla curia la somma di 180.000 ducati d'oro. Dopo di ciò, E. poté godere d'una certa pace e ne approfittò per rinsaldare militarmente lo stato, fortificando Modena. Quando nel 1551 Enrico II, re di Francia, riprese l'attività militare in Italia, E. ebbe Brescello occupata dagli Spagnoli che sospettavano di lui per i molti legami che l'univano ai Francesi. Questi però venendo in Italia si diressero verso il Mezzogiorno, abbandonando al suo destino E. d'Este, il quale concluse allora con gli Spagnoli una pace nel 1558, che salvava integralmente il suo stato. Poco dopo moriva. Sua moglie, Renata di Francia, convinta calvinista, aveva fatto della corte un centro di propaganda protestante, tanto che E. era stato costretto a confinarla, per obbedienza al papa, nel Palazzo Estense a Ferrara.