Phylum di Protozoi comprendente circa 800 specie, parassiti intracellulari obbligatori, soprattutto di Artropodi e pesci. Formano spore di 2-20 μm, chitinose, che contengono un corpo infettivo uni- o binucleato, detto sporoplasma. Lo sporoplasma si sviluppa nelle cellule dei muscoli, dell’epitelio intestinale o del tegumento dell’ospite che ha ingerito la spora, dopo essere stato iniettato all’interno del tessuto grazie a un apparato di estrusione formato da un filamento polare e da un polaroplasto, organello che si imbeve di acqua e si rigonfia, causando l’eiezione dello sporoplasma. Lo sporoplasma si divide producendo stadi uninucleati detti sporonti, che a loro volta originano per sporogonia altri due distinti stadi, detti sporoblasti, o un unico stadio (pansporoblasto). Dallo sporoblasto si origina una spora dotata di filamento polare. La presenza di stadi aploidi fa pensare che esista una meiosi correlata con processi di tipo sessuale. Mancano i mitocondri.
Il phylum è suddiviso nelle classi Rudimicrosporea e Microsporea. I primi hanno spore sferiche, dotate di un apparato di estrusione rudimentale e mancanti di polaroplasto, e sono parassiti di Gregarine, a loro volta viventi come parassiti di Anellidi; comprendono l’unico ordine Metchnikovellida. I secondi hanno apparato di estrusione complesso e parete delle spore composta da 3 strati, diversi per spessore e composizione chimica; comprendono gli ordini Minisporidi e Microsporidi.
Nei Microsporidi sono raggruppate forme a sviluppo tutto o in massima parte intracellulare, parassite di Vertebrati, Invertebrati, Protozoi e anche di Mixosporidi. Circa 200 specie, in maggioranza con specifico ospite e localizzazione: nei Platelminti il parenchima e gli organi riproduttori, negli Anellidi i linfociti e l’epitelio intestinale, nei pesci i muscoli e gli ovari. Le cellule invase si ipertrofizzano con alterazioni nel nucleo e nel citoplasma. L’infezione si propaga per spore (dimensioni 1-23 μm), che vengono ingerite, o per autoinfezione; il parassita può inoltre invadere le uova dell’ospite e l’infezione divenire così ereditaria.