Storia evolutiva di un gruppo di organismi alla luce delle loro relazioni reciproche di discendenza e di affinità. Per lo studio della f. in biologia evoluzionistica ci si avvale di dati morfologici, paleontologici ecc. Notevole è stato il contributo della biochimica allo studio delle diverse strutture primarie di alcune proteine (emoglobina, citocromo γ), che ha permesso l’individuazione dei cosiddetti orologi molecolari. Nello studio della f. è possibile riconoscere diversi livelli di indagine: dall’analisi dei dati si ricavano dendrogrammi o cladogrammi; da questi si ottengono alberi filogenetici, costituiti da diagrammi (v. fig.), non necessariamente ramificati, che mostrano la supposta f. di un taxon; infine si può passare agli scenari evolutivi, alberi filogenetici associati a dati concernenti gli adattamenti, l’ecologia, la biogeografia, la tettonica delle placche ecc. Il termine f. spesso si usa in contrapposizione a ontogenesi (➔), il processo di sviluppo di un organismo.