Classe di Protozoi Flagellati comprendente quasi esclusivamente specie natanti, caratterizzate da presenza di cloroplasti. La classe comprende 9 ordini. I Dinoflagellida (Dinoflagellati) hanno due flagelli eterodinamici (che hanno movimento l’uno in un piano longitudinale e l’altro in un piano trasversale) e cloroplasti verdi o giallo-bruni; il genere Gymnodinium, i cui rappresentanti sono noti come zooxantelle, è endosimbionte di molte specie di Radiolari, Scifozoi e Nudibranchi. I Dinoflagellati rappresentano una componente importante del plancton marino, in condizioni particolari la loro concentrazione può arrivare a un milione di cellule per litro, causando maree rosse o fenomeni di luminescenza della superficie marina. Tali fenomeni possono a loro volta provocare morie di pesci e altri organismi animali o l’accumulo di tossine in Molluschi che, pur sopravvivendo, diventano dannosi per chi li ingerisce. Studi comparativi dell’ultrastruttura del cortex cellulare e delle sequenze di RNA ribosomiale mostrano che i Dinoflagellati sono affini agli Apicomplessi e ai Ciliati, con cui costituirebbero il gruppo degli Alveolata. Gli Euglenida comprendono forme ben note e comuni in acqua dolce (Euglena), dalla tipica colorazione verde erba dovuta alla presenza di cloroplasti. I Volvocida comprendono forme sia solitarie sia coloniali (Volvox), diffuse prevalentemente nelle acque dolci; il genere Chlorella è endosimbionte in Ciliati e Idrozoi. Altri ordini: Cryptomonadida, con cloroplasti blu, rossi, bruni o gialli; Chrysomonadida, con corpo cellulare ornato da scaglie silicee; Raphidomonadida; Prymnesida; Prasimonadida (Micromonas, con i suoi 3-5 Ìm, è uno dei Protozoi più piccoli che si conoscano); Silicoflagellida, con scheletro siliceo di forma stellata.