Accademia fondata a Roma nel 1603 da Federico Cesi, Francesco Stelluti, Anastasio de Filiis e Jan van Heeck. Si proponeva di promuovere la rinascita degli studi naturalistici, la cui decadenza i L. ascrivevano al preminente carattere erudito e antiquario delle accademie del tempo e all’irrigidimento dell’insegnamento aristotelico dominante nelle università. Cesi definì accuratamente le regole dell’Accademia, prescrivendo con severità le norme di ammissione dei soci, gli scopi e le modalità di svolgimento dell’attività accademica. L’Accademia contò 35 membri, dei quali 8 stranieri, in ossequio al carattere internazionale del sodalizio, nel cui progetto originario era contemplata la fondazione di sedi accademiche dette Licei, dislocate in tutta Europa. L’unico Liceo di cui si riuscì ad avviare il funzionamento fu però quello di Napoli, legato alla figura di G.B. Della Porta. Nel 1611 Cesi volle ascrivere ai L. Galileo Galilei, con il quale l’Accademia condivise la battaglia per l’affermazione del copernicanesimo. La proibizione della teoria eliocentrica intervenuta nel 1616 da parte del Sant’Uffizio e il conseguente deterioramento dei rapporti tra Galilei e la Chiesa non dissuasero i L. dal proseguire nel rinnovamento delle indagini sulla struttura dei cieli. Nel 1623 l’Accademia pubblicò e offrì al nuovo pontefice Urbano VIII, dal quale sperava un atteggiamento più favorevole alla nuova astronomia, Il Saggiatore, dedicato alla questione della natura delle comete. I L. recarono contributi significativi anche in altre discipline, particolarmente nella classificazione delle specie vegetali.
La prematura scomparsa di Cesi (1630) portò alla interruzione, dopo il 1650, dell’attività dei Lincei. Nel 18° sec. l’Accademia conobbe due distinte riprese: dal 1745 al 1755, a Rimini, per iniziativa del naturalista e antiquario Giovanni Bianchi (Jano Planco); di nuovo a Roma, dal 1795, quale Accademia fisico-matematica istituita dall’abate Feliciano Scarpellini. Si estinse nel 1840, con la morte di Scarpellini. Con lo stabilirsi della nuova capitale del Regno d’Italia a Roma, Quintino Sella volle riprendere la tradizione cesiana e lincea. Nel 1874 fu infatti costituita la Regia accademia nazionale dei L., la cui presidenza fu tenuta da Sella fino alla morte, nel 1884. Nel 1883 il governo italiano acquistò per l’Accademia il palazzo Corsini, che ospita ancora oggi la Biblioteca Corsiniana, dono ai L. del principe Tommaso Corsini, e alla quale è unita la Biblioteca Accademica, ricca di periodici e atti di società scientifiche di tutto il mondo. Un nuovo statuto, approvato nel 1934, impose ai soci il giuramento di fedeltà al fascismo restringendo notevolmente l’autonomia accademica, finché, nel 1939, i L. furono fusi d’autorità con l’Accademia d’Italia, che era stata istituita nel 1926. Caduto il regime fascista, venne soppressa l’Accademia d’Italia, su suggerimento di Benedetto Croce, e ricostruita quella dei Lincei.
L’Accademia dei L. si compone oggi di 540 membri di tutte le nazionalità, divisi nelle due classi di scienze fisiche, matematiche e naturali e di scienze morali, storiche e filologiche, ripartiti in diverse categorie, comprendenti 180 soci nazionali, 180 soci corrispondenti e 180 soci stranieri, tutti eletti per libera cooptazione. L’Accademia pubblica gli Atti di ciascuna classe (Rendiconti e Memorie, le Notizie degli scavi di antichità, gli Atti dei convegni L., i Classici greci e latini ecc.) e assegna annualmente un gran numero di premi culturali e scientifici, fra i quali il premio del presidente della Repubblica e i premi Feltrinelli.