Figlio (Alcalá de Henares 1503 - Vienna 1564) dell'arciduca Filippo il Bello d'Austria e di Giovanna la Pazza, era fratello minore del principe Carlo, poi Carlo V imperatore. Divenne imperatore nel 1558, dopo l'abdicazione del fratello. Riorganizzò l'amministrazione di tutti i territori sottoposti alla sua sovranità, istituendo un Consiglio segreto (Geheimrat) e un Consiglio aulico (Hofrat), una Cancelleria aulica (Hofkanzlei), una Camera aulica (Hofkammer) per il controllo dell'amministrazione e delle finanze e il Consiglio aulico di guerra (Hofkriegsrat).
A differenza del fratello Carlo, rimasto nella fanciullezza sempre nelle Fiandre, egli fu educato in Spagna, godendo la predilezione del nonno Ferdinando il Cattolico, il quale nel 1512, con testamento poi da lui stesso annullato, designò F. a re di Spagna. Nel 1518 si recò nelle Fiandre, completando la sua educazione alla corte della zia Margherita, e subendo l'influsso di Erasmo, che tra l'altro gli dedicò la seconda ediz. dell'Institutio principis christiani. Dopo la morte dell'imperatore Massimiliano I, con il trattato di Worms (1521), entrò in possesso dell'Alta e della Bassa Austria, della Stiria, della Carinzia e della Carniola, cedutegli da Carlo. A tali domini aggiunse (1522) il Tirolo e il Württemberg. Nel 1521 aveva sposato Anna, sorella di Luigi II re d'Ungheria. Caduto quest'ultimo nella battaglia di Mohács, F. fu eletto re di Boemia e d'Ungheria (1526). In Ungheria non riuscì tuttavia mai a esercitare la sua sovranità, sia perché diversi stati europei avevano riconosciuto valida l'elezione a re del voivoda di Transilvania Giovanni Szápolyai, sia perché la maggior parte di quel regno cadde successivamente in mano dei Turchi. Eletto (1531) re dei Romani a Colonia, riconobbe l'impossibilità di distruggere il protestantesimo con la forza delle armi e, sebbene avversasse decisamente i seguaci di Lutero nei propri possedimenti, si adoperò per una politica di riconciliazione, culminata nella pace religiosa di Augusta (1555). Dopo l'abdicazione di Carlo V, fu eletto imperatore (1558). In Austria F. favorì l'attività dei gesuiti e costrinse il figlio Massimiliano II, prima della sua elezione a re dei Romani nel 1562, a rinunciare alle sue simpatie per la Riforma. Con l'ordinamento promulgato il 1º genn. 1527, che può essere considerato l'atto di nascita del governo centrale austriaco, riorganizzò l'amministrazione dei territori sotto il suo potere, istituendo un Consiglio segreto (Geheimrat) e un Consiglio aulico (Hofrat) come organi della politica estera e della suprema giurisdizione; una Cancelleria aulica (Hofkanzlei) e una Camera aulica (Hofkammer) per il controllo dell'amministrazione e delle finanze; nel 1556 fondò quel Consiglio aulico di guerra (Hofkriegsrat) che rimase efficiente, sia pure con modifiche, fino al 1918. Dispose per testamento che una raccolta di opere d'arte e una collezione di monete greche e romane a lui appartenenti dovessero essere tramandate, indivise, ai primogeniti della sua casata: tale fidecommesso segna l'inizio delle collezioni d'arte asburgiche.