La l. cost. n. 1/1999 ha profondamente innovato sul piano dei rapporti tra gli organi necessari della Regione, indicati all’art. 121 Cost., ovvero il Consiglio regionale, la Giunta regionale e il Presidente della Giunta regionale, ed ha finito con il fare di quest’ultimo l’organo centrale della forma di governo regionale (Forme di Stato e forme di governo). Infatti, mentre nel «vecchio» art. 122 Cost. era previsto che il Presidente e i componenti della Giunta fossero eletti dal Consiglio regionale tra i suoi componenti – la forma di governo regionale potendo così oscillare tra una forma di governo parlamentare e una forma di governo parlamentare a tendenza assembleare (Forme di Stato e forme di governo) – il «nuovo» art. 122 Cost. stabilisce che il Presidente della Giunta regionale sia eletto a suffragio universale e diretto, salvo che lo Statuto regionale, approvato a norma del «nuovo» art. 123 Cost. dalle Regioni medesime, disponga altrimenti. Inoltre, è previsto che, fino all’entrata in vigore dei nuovi Statuti, i Presidenti delle Giunte regionali siano eletti direttamente in base alla normativa transitoria contenuta nell’art. 5 della l. cost. n. 1/1999.
Il fatto che lo Statuto regionale possa derogare all’elezione diretta, tuttavia, non comporta però che la Regione sia assolutamente libera di scegliere la propria forma di governo, in quanto l’art. 126, co. 2, Cost. prevede esplicitamente la possibilità per il Consiglio regionale di esprimere la sfiducia (Fiducia parlamentare) nei confronti del Presidente della Giunta regionale. Di conseguenza, la scelta della forma di governo regionale si riduce a due: o, in linea con quanto previsto per Comuni e Province, l’elezione a suffragio universale e diretto del vertice dell’esecutivo, con il mantenimento di un rapporto fiduciario con l’organo legislativo, secondo il meccanismo del c.d. simul stabunt, simul cadent (la sfiducia da parte del Consiglio regionale comporta la rimozione del Presidente della Giunta regionale e l’automatico scioglimento del primo ex art. 126, co. 3, Cost.; sono equiparate alla sfiducia consiliare la morte, l’impedimento permanente e le dimissioni volontarie da parte del Presidente della Giunta regionale); o una forma di governo parlamentare classica, con l’elezione del Presidente della Giunta regionale da parte del Consiglio regionale (in questo caso, la Costituzione non impone che la sfiducia nei confronti del Presidente della Giunta regionale comporti lo scioglimento automatico del Consiglio regionale). Le Regioni, nell’esercizio della propria potestà statutaria, non possono muoversi liberamente di fuori di questa scelta dicotomica, tant’è che la giurisprudenza costituzionale non ha esitato a censurare i ripetuti tentativi, da parte degli statuti regionali, di derogarvi, introducendo i meccanismi più diversi. Peraltro, va detto che ad oggi tutte le Regioni hanno adottato una forma di governo riconducibile al primo tipo (elezione a suffragio universale e diretto del Presidente della Giunta regionale e sua eventuale sfiducia comportante anche lo scioglimento del Consiglio regionale), il che ha fortemente potenziato il primo a scapito del secondo.
Organo motore della Regione, quindi, è diventato non più il Consiglio regionale, ma il Presidente della Giunta regionale. Quest’ultimo esercita una duplice funzione, assommando su di sé alcune competenze assimilabili a quelle proprie ora del Presidente della Repubblica e ora del Presidente del Consiglio dei ministri in ambito statale. Per quanto concerne il primo profilo, il Presidente della Giunta regionale ha una funzione di rappresentanza esterna della Regione, promulga le leggi regionali, emana i regolamenti regionali e indice i referendum regionali. Più precisamente, per quanto riguarda la funzione di rappresentanza esterna della Regione, il Presidente della Giunta regionale partecipa alla Conferenza Stato-Regioni e propone i ricorsi alla Corte costituzionale nei confronti degli atti statali (legislativi e non) lesivi della competenza regionale. Per quanto riguarda il secondo profilo, il Presidente della Giunta regionale dirige la politica della Giunta regionale e ne è responsabile. Inoltre, il «nuovo» art. 122 Cost. prevede che il Presidente della Giunta regionale, se eletto a suffragio universale e diretto, possa nominare e revocare gli altri componenti della Giunta regionale. È controverso se questo potere di nomina e di revoca sia configurabile anche in caso di elezione consiliare del Presidente, ma la dottrina maggioritaria è di avviso contrario.